Os cursos de mestrado integrado nas diversas especialidades visam assegurar uma sólida formação científica em ciências de base, ciências militares e comando e liderança. Simultaneamente, consoante a sua especialização são ainda conferidas competências em ciências da engenharia, ciências da gestão e ciências da pilotagem aeronáutica militar.
Aos oficiais do quadro de Pilotos-Aviadores compete o exercício de atividades ligadas à operação de meios aéreos em missões militares.
O plano de estudos do curso de Mestrado Integrado em Ciências Militares e Aeronáuticas, na especialidade de Engenharia Aeronáutica, tem unidades curriculares equivalentes às do plano de estudos do curso de Mestrado Integrado em Engenharia Aeroespacial – Ramo de Aeronaves do Instituto Superior Técnico (IST), para além da formação militar e física necessária à formação do futuro Oficial do Quadro Permanente da Força Aérea.
O Mestrado Integrado em Ciencias Militares e Aeronáuticas, na especialidade de Engenharia de Aeródromos, tem a duração de 6 anos e é frequentado, nos últimos 3 anos do curso, no Instituto Superior Técnico, partilhando as mesmas unidades curriculares do Mestrado Integrado em Engenharia Civil.
O curso de Mestrado Integrado em Ciências Militares Aeronáuticas na especialidade de Engenharia Eletrotécnica contempla várias áreas de especialização.
O plano de estudos do curso de Mestrado em Ciências Militares e Aeronáuticas, na especialidade de Administração Aeronáutica enquadra-se na área científica de gestão e de especialização em contabilidade, fiscalidade e finanças empresariais. Tem unidades curriculares equivalentes às dos planos de estudos dos cursos de Licenciatura em Gestão e Mestrado em Contabilidade, Fiscalidade e Finanças Empresarias do Instituto Superior de Economia e Gestão (ISEG).
O curso de Medicina desenrola-se ao longo se seis anos sendo integralmente ministrado na Faculdade de Madicina da Universidade de Lisboa cujos conteudos podem ser consultados em Faculdade de Medicina de Lisboa.